肾结石手术通常不会对肾功能造成明显损害，合理的手术方式选择及规范操作反而有助于保护肾脏功能。手术的主要目的是清除结石、解除梗阻，从而避免结石长期滞留对肾脏产生进一步损伤。现代医学技术下，多数肾结石手术属于微创操作，对肾脏组织的创伤较小，术后肾功能多数可保持稳定甚至因梗阻解除而改善。
肾结石手术是否影响肾功能取决于多种因素。结石大小、位置、是否合并感染或肾积水，以及手术方式的选择均可能影响术后恢复。例如，经皮肾镜取石术可能因穿刺通道造成局部肾单位损伤，但范围通常有限；输尿管软镜手术对肾脏几乎无创，适合较小结石。若术前已存在肾功能不全，手术需更谨慎评估风险。术后短期可能出现肌酐值波动，多与麻醉、炎症反应或暂时性尿路梗阻有关，多数可逐渐恢复。长期随访数据显示，规范手术不会显著降低肾小球滤过率，反而能阻止结石导致的肾功能恶化。
术后需定期复查肾功能、尿液分析及影像学检查，确保无结石残留或复发。保持每日2000ml以上饮水量，减少高草酸、高嘌呤饮食，可降低复发风险。出现腰痛、血尿或尿量减少应及时就医。高血压、糖尿病患者需严格控制基础疾病，避免加重肾损伤。术后避免剧烈运动以防出血，但需适度活动预防血栓形成。遵循医嘱用药，尤其避免肾毒性药物，有助于长期维护肾功能稳定。
