肾结石手术在正常情况下对肾功能的影响较小，但不能完全排除影响的可能性。
肾结石如果长期存在，会对肾功能造成损害，如引起肾积水，压迫肾实质，影响肾脏的正常代谢和排泄功能等。手术的目的往往是去除结石，解除梗阻，保护肾功能。大多数情况下，当手术顺利进行时，结石被成功清除，梗阻解除，肾脏的功能会逐渐恢复。例如，目前常见的经皮肾镜取石术，医生会在超声或X线引导下精准穿刺进入肾脏集合系统，在尽可能减少对肾脏组织损伤的前提下取出结石。而且随着医疗技术的不断进步，手术器械日益精细，医生的操作技能也不断提高，这些都有助于降低手术对肾功能的影响。
手术过程中可能会出现一些意外情况从而影响肾功能。比如手术中的出血，如果出血量较大，可能会导致肾脏局部缺血，影响肾脏细胞的正常功能。另外，如果手术造成泌尿系统的感染，炎症蔓延至肾脏，也会对肾功能产生不良影响。还有，在一些复杂的肾结石手术中，可能需要切除部分肾脏组织来彻底清除结石，这必然会在一定程度上影响肾脏的功能。不过，经验丰富的医疗团队会在术前对患者的病情进行全面评估，制定详细的手术方案，并在术中、术后密切监测患者的各项指标，尽量避免这些不良影响的发生，以保护患者的肾功能。
