骨髓增生异常综合征需与再生障碍性贫血、巨幼细胞性贫血、阵发性睡眠性血红蛋白尿、急性髓系白血病、慢性骨髓增殖性肿瘤相鉴别。具体分析如下：
1.再生障碍性贫血：骨髓增生异常综合征与再生障碍性贫血均可表现为全血细胞减少，但前者骨髓常呈增生性改变且伴病态造血，后者骨髓增生低下且无病态造血现象。外周血涂片中，骨髓增生异常综合征可见幼稚细胞，而再生障碍性贫血通常无此表现。染色体检查在骨髓增生异常综合征中可能发现异常核型，再生障碍性贫血则多为正常核型。
2.巨幼细胞性贫血：巨幼细胞性贫血因叶酸或维生素B12缺乏导致DNA合成障碍，骨髓中可见巨幼样变红细胞，与骨髓增生异常综合征的病态造血相似。但补充叶酸或维生素B12后，巨幼细胞性贫血的血象和骨髓象可迅速改善，而骨髓增生异常综合征无此反应。血清叶酸和维生素B12水平测定有助于明确诊断。
3.阵发性睡眠性血红蛋白尿：阵发性睡眠性血红蛋白尿是一种获得性造血干细胞克隆性疾病，表现为溶血性贫血、血栓形成及骨髓衰竭。骨髓增生异常综合征与其均可出现全血细胞减少，但阵发性睡眠性血红蛋白尿患者尿含铁血黄素试验常阳性，且流式细胞术检测可发现CD55和CD59缺失。
4.急性髓系白血病：骨髓增生异常综合征与急性髓系白血病的鉴别关键在于原始细胞比例。骨髓增生异常综合征的原始细胞比例通常低于20%，而急性髓系白血病则超过此阈值。骨髓增生异常综合征的病程进展较缓慢，急性髓系白血病则起病急骤，临床症状更为严重。
5.慢性骨髓增殖性肿瘤：慢性骨髓增殖性肿瘤包括真性红细胞增多症、原发性血小板增多症等，与骨髓增生异常综合征同属骨髓克隆性疾病。但慢性骨髓增殖性肿瘤主要表现为某一系血细胞显著增多，骨髓增生异常综合征则以病态造血和无效造血为特征。JAK2基因突变在慢性骨髓增殖性肿瘤中较为常见，骨髓增生异常综合征则少见。
诊断骨髓增生异常综合征时需结合临床表现、血象、骨髓象及遗传学检查，避免误诊。治疗方案的制定应个体化，定期监测病情变化至关重要。
