甲减患者出现全身疼、关节疼可能是甲状腺激素缺乏、自身免疫反应、代谢率降低、营养物质代谢异常、合并其他疾病导致的。具体分析如下：
1.甲状腺激素缺乏：甲状腺激素对维持身体正常生理功能至关重要。甲减时甲状腺激素不足，会影响神经肌肉功能，导致肌肉收缩和舒张功能异常，引起肌肉疼痛，关节周围的肌肉受影响时就会感觉关节疼。同时，甲状腺激素缺乏还会影响骨骼代谢，使骨转换减慢，骨质流失，进而引发关节疼痛。患者需要遵医嘱补充甲状腺激素，使甲状腺功能恢复正常水平，随着甲状腺激素水平的纠正，这些症状可能会逐渐减轻。
2.自身免疫反应：部分甲减是由自身免疫性甲状腺炎引起的，如桥本甲状腺炎。在这种情况下，机体的免疫系统会错误地攻击甲状腺组织。这种自身免疫反应可能不仅局限于甲状腺，还可能累及关节等其他组织，引发炎症反应，导致关节疼痛和全身疼痛。对于这种情况，在补充甲状腺激素的同时，可能需要针对自身免疫反应进行监测和管理，在病情严重时可能需要免疫抑制剂等特殊治疗，但具体治疗需根据患者的整体情况由医生决定。
3.代谢率降低：甲减会使身体的代谢率显著下降。身体细胞的能量供应减少，肌肉和关节得不到充足的能量支持，其功能就会受到影响。肌肉可能会出现疲劳、无力，进而产生疼痛，关节也会因为周围组织的功能异常而疼痛。患者需要调整生活方式，保证充足的休息，同时按照医生的建议补充甲状腺激素以提高代谢率，随着代谢功能的改善，疼痛症状有望缓解。
4.营养物质代谢异常：甲减会干扰营养物质的代谢，例如维生素D、钙等对骨骼和关节健康至关重要的物质。甲状腺激素缺乏会影响肠道对钙的吸收，减少肾脏对钙的重吸收，同时影响维生素D的活化，导致钙磷代谢紊乱。这会使骨骼中的钙流失，关节软骨等结构的营养供应不足，从而引发关节疼痛，全身骨骼也可能因为缺钙而出现疼痛。患者需要在医生的指导下补充钙剂和维生素D，同时积极治疗甲减，改善营养物质的代谢状况。
5.合并其他疾病：甲减患者可能同时合并其他疾病，如风湿性关节炎、纤维肌痛综合征等。这些疾病本身就会引起关节疼痛和全身疼痛。当与甲减同时存在时，症状可能会更加明显。需要进行全面的检查，以明确是否存在其他疾病。如果存在并发症，需要针对不同的疾病进行相应的治疗，例如对于风湿性关节炎可能需要使用抗风湿药物，在治疗过程中要注意与甲减治疗药物的相互作用，确保治疗的安全性和有效性。
甲减患者出现全身疼、关节疼是多种因素共同作用的结果，需要综合考虑患者的具体情况进行诊断和治疗。在治疗过程中，患者要积极配合医生，定期复查甲状腺功能等相关指标，以便及时调整治疗方案。
