上下运动神经元的主要区别在于解剖位置、功能及损伤表现不同。上运动神经元位于大脑皮层和脑干，负责传递运动指令；下运动神经元位于脊髓前角和脑神经运动核，直接支配骨骼肌。两者共同构成运动传导通路，但作用环节和临床意义有明显差异。
上运动神经元起自大脑皮层运动区，轴突形成锥体束，下行至脊髓前角或脑神经运动核。其功能是整合随意运动指令并抑制下运动神经元的过度兴奋。损伤后出现痉挛性瘫痪，表现为肌张力增高、腱反射亢进和病理反射阳性。下运动神经元胞体位于脊髓前角或脑干运动核，轴突组成周围神经直达效应器。其功能是执行最终的运动输出并维持肌肉营养。损伤导致弛缓性瘫痪，表现为肌萎缩、肌张力降低和腱反射消失。两者通过突触联系形成级联调控，上运动神经元损伤后失去对下运动神经元的抑制，会出现特殊的释放症状如折刀样强直。
临床鉴别需注意混合性损伤情况，如肌萎缩侧索硬化症同时累及上下运动神经元。查体时需系统评估肌力、肌张力、反射及病理征，结合影像学和肌电图定位病变。急性脊髓横贯损伤早期可能出现脊髓休克，表现为下运动神经元损伤特征，需动态观察鉴别。神经康复方案需根据损伤类型制定，上运动神经元损伤重点抑制异常反射模式，下运动神经元损伤侧重防止肌肉萎缩。
