牙根发黑的治疗，首先需要明确牙根发黑的原因，确诊是牙周病导致还是龋坏导致。

1.如果是牙周病引起，比如牙结石附着导致牙龈萎缩、牙槽骨吸收、牙根暴露而导致局部发黑。需要针对牙周病系统治疗，去除牙结石，做系统的龈上洁治以及龈下刮治。并且可以结合喷砂，清除牙齿表面沉积的色素小点，牙根发黑就能好转。

2.如果牙根发黑是根面龋导致的，需要将龋坏组织清除，然后用不刺激牙周组织的材料充填修复即可。同时，要积极纠正牙龈萎缩、牙根暴露的情况。