牙根发黑可以采取以下处理措施：

1.牙颈部应用银汞合金充填造成牙根染色时，可以磨除银汞充填物及变色牙体组织，应用玻璃离子水门汀等修补。

2.牙齿颈部形成深龋，造成根面发黑时，可以采用低速球钻磨除腐质，使用玻璃离子水门汀等修补。

3.牙齿发生隐裂、牙髓慢性坏死导致牙根变色时，可以摘除牙髓，完成根管治疗，在髓腔内放置过氧化氢等漂白药物，改变牙齿的颜色。

4.牙根面沉积大量龈下结石，表面粗糙不平时，可以手动刮除结石，并进行根面平整术，促进形成新的牙周附着。