牙痛牙根发黑可能是牙根发炎或者龋齿，同时不排除是色素沉着以及伴有神经性疼痛。

1.牙根发炎。牙根部出现细菌或者真菌的感染，引起牙根部位的牙龈组织出现充血，容易引起局部的淤血肿胀，导致牙龈颜色发黑、发红、肿，并且会伴随疼痛的症状。

2.龋齿。龋齿通常是指出现于牙釉质，牙本质上的细菌感染性的疾病，一般会有牙齿颜色的改变，引起牙体组织发黑。如果龋齿损伤到牙神经，还会出现牙根部的疼痛症状。

3.色素沉着以及伴有神经疼痛。牙齿根部清洁不到位，引起食物残渣的滞留，或者牙齿上有色素的沉着，容易引起牙齿或者牙根部的发黑。如果伴有神经性损伤或者神经炎症，还会出现疼痛的症状。牙疼期间需要吃清淡的食物，避免吃一些生冷、辛辣的刺激性食物。