发烧后腰疼得厉害，可能是感冒病毒入血或泌尿系统感染引起。

引起发热的原因比较多，比如感冒引起的上呼吸道感染，患者容易出现发热的症状。如果患者腰疼得比较严重，主要考虑和病毒感冒有关，比如病毒入血后，会累及到关节、骨骼，容易引起明显的腰部疼痛。需要及时到医院进行检查，确定是病毒感冒引起，需要给予抗病毒、抗感冒的药物治疗，能促进恢复，能缓解患者的症状。

除此以外，泌尿系统感染也会导致患者出现高热，还会出现腰疼的症状。泌尿系统结石嵌顿时，也会引起患者出现明显的腰痛感。