小儿先天性脑积水的危害，主要见于患者头颅会逐渐增大、张力增高、囟门扩大，以及发育异常出现，头发稀少、眼球下旋，逐渐出现"落日征"。

另外日渐增大的头颅导致身体难以支撑，所以这一类的患儿通常也不能站立，也不能坐，就会表现为各种运动的障碍。到了疾病的晚期患者还会出现了视觉、嗅觉异常，以及其他的智能发育障碍、眼球震颤、平衡障碍。

总之，先天性脑积水影响患儿发育及智力下降为主要表现，其预后不良。一般建议手术解除梗阻，可以采用分流术，也可以通过口服药物减少脑脊液的分泌，比如醋氮酰胺。