原发性脑干损伤是非常严重的，这确实容易留下后遗症。这会根据损伤情况不一样而引起各种不同的后遗症。首先有一部分会因为损伤过重，长期昏迷不醒而无法清醒，这最终可以成为植物人。还有一些会出现肢体瘫痪，也有一部分会出现肢体的感觉异常、大小便失禁。还有一些可以出现智力低下、反应迟钝，以及出现记忆力的下降等情况，有很多无法生活自理，需要长期卧床以及别人的护理。

脑干损伤要积极的治疗，早期的治疗能够促进恢复，减少后遗症和预防后遗症。首先这需要用一些营养神经药物促进脑功能的恢复，另外选用消肿脱水药物治疗。并且要进行营养支持和对症处理。后期可以做康复治疗，比如进行针灸和高压氧和康复锻炼。