早晨起床的时候肚子痛，可以考虑以下几个方面的原因：

1.夜间腹部受凉所导致的肠痉挛，一般疼痛为脐周阵发性的绞痛，可以适当地喝温开水，也可以用手适当地在腹部顺时针按摩，可以使腹痛得到一定程度的缓解。

2.胃肠道功能紊乱、急性胃肠炎、不洁饮食，过于辛辣刺激性饮食或者昨天晚上晚餐吃得过多、过杂，都可以导致急性胃肠炎的发生。疼痛的部位一般位于脐周，多伴有腹泻，可以口服诺氟沙星胶囊、肠康片以及四磨汤口服液治疗，肠道疾病所导致的腹痛。

3.慢性肠道炎症，比如溃疡性结肠炎、肠结核、克罗恩病、肠易激综合征，都可以出现早晨晨起的时候肚子痛。这些疾病所导致的腹痛需要到医院消化内科就诊，明确诊断之后给予相关的药物治疗。