性生活时阴茎酸疼，多考虑可能是由于男性本身存在解剖结构异常所引起，比如包皮系带过短、包茎、包皮过长等，都可导致男性在性生活时出现阴茎酸痛症状。

也可能是由于生殖系统炎症所引起，常见于龟头炎、包皮炎等疾病，由于炎性产物对龟头和包皮不断形成刺激，致使龟头和包皮充血、肿胀，甚至导致包皮龟头糜烂、渗出。在性生活时会对受损的龟头和包皮产生摩擦、刺激，就会造成阴茎疼痛。

另外，如果平时性生活过于频繁，而且性技巧不够，或者是性生活时动作过于猛烈等，都可导致阴茎出现酸痛症状。