半夜肚子特别疼时应根据病因进行治疗用药。如果引起腹痛的原因不明，建议去医院进行相关检查，明确病因后再进行治疗。

如果是急性阑尾炎导致的肚子疼，应及时进行手术治疗，如果患者的身体状况很差，可以进行保守治疗，主要包括补液和抗生素抗感染治疗。

如果是急性胰腺炎导致的肚子特别疼，一般以保守治疗为主，如果出现器官功能衰竭，需要去监护室进行支持治疗。

如果是胃溃疡或十二指肠溃疡导致的肚子特别疼，可以使用抑制胃酸分泌的药物和保护胃黏膜的药物，以及根除幽门螺旋杆菌等治疗。