孩子发热39℃是否要叫醒需要根据具体情况（决定）。

如果孩子已经口服退热药物，可以间隔半小时再测量一次体温。如果体温较上一次体温测量值低，说明退热药物已经起效，可以不用叫醒孩子。

如果测量孩子体温39℃，没有采取降温措施，需要叫醒孩子口服或肌肉注射退热药物。药物退热同时可以物理降温，待孩子体表温度降低或头颈部、腰背部出汗后，孩子可以再次入睡。

建议查找发热原因，结合具体情况，在医生指导下用药治疗。孩子中枢神经系统功能发育尚不完善，高热时容易出现寒战，诱发高热惊厥症状。所以如果孩子出现高热，需要及时处理。