低位肛门闭锁并不会导致巨结肠，巨结肠形成的原因是由于先天发育异常，而导致结肠内神经节细胞缺少，所导致的结肠扩张和便秘等症状。而低位肛门闭锁主要会导致肠梗阻，肠梗阻以后也会导致结肠出现扩张。但是当肛门闭锁行手术治疗以后，肛门恢复通畅，没有梗阻症状以后，结肠也会恢复到正常状态。特别是低位肛门闭锁，只要单纯行肛门成形术，一般术后治疗效果都比较好，预后也比较好。