在临床上，肛门闭锁和巨结肠是两个完全不同的疾病，它们都是由于先天发育不全所导致的。肛门闭锁不会导致巨结肠，但是先天性肛门闭锁会导致患者出现肠梗阻的症状，会引起结肠首先出现扩张。而巨结肠形成的原因主要是由于结肠内的缺乏神经节细胞，而导致肠道功能比较差，肠管会扩张，主要的症状是便秘。所以在临床上，两种疾病都需要进行手术治疗才能完全治愈，肛门闭锁需要行肛门成形术，而巨结肠需要行病变的结肠切除术。