大拇指第二关节疼痛可以由以下几种原因引起：

1.腱鞘炎导致。腱鞘炎发作时可以有拇指第二关节疼痛、活动受限，这时要注意查体进行诊断，早期给予口服药物治疗或者封闭治疗。

2.由于关节感染导致。比如细菌感染或者结核菌感染，可以有第二关节疼痛，可以伴有皮肤发红、皮温升高等，这时要注意查体以及检查关节核磁共振、化验血液等进行诊断。

3.由于痛风导致。如果痛风累及大拇指关节，可以出现大拇指第二关节疼痛，这时要化验血液进行诊断，早期给予降尿酸的药物治疗。