人体泌尿系统涉及的器官较多，可以出现先天性畸形的器官也就会较多，并且不同器官所出现的先天性畸形疾病也不相同，部分疾病所产生的病因不相同。

有的疾病是因为染色体畸形异常或基因突变所导致，比如先天性睾丸发育不全等，这种疾病往往是无法得到根治的，需要终身的药物或者激素治疗。

对于一些因为发育异常所导致的先天性泌尿系统畸形疾病，如隐睾、包茎等，往往可以通过手术治疗可以得到根治。此外，还有一些发育异常的畸形疾病，即使手术也无法根治。