睡觉起来眼睛疼可能是睑腺炎，也可能是暴露性角膜炎或者青光眼所造成。

1.睑腺炎。一般是睑板腺感染，比如受到了金黄色葡萄球菌感染，会伴随着睑板腺出现急性炎症引起眼睛红肿以及疼痛，也会伴随着皮肤温度过高。

2.暴露性角膜炎。暴露性角膜炎在醒来之后会伴随着眼睛疼痛，特别是受到了外伤或者是睑裂闭合不全等因素，会出现睑裂不能闭合，遮盖角膜所引起。

3.青光眼。青光眼在急性发作的时候会伴随着眼睛疼痛，也会引起分泌物增多，特别是在睡觉醒来之后会引起眼睛疼痛加重。