在通常情况下，对于轻度的食物中毒，经过积极的处理和治疗，往往不会留有后遗症。但是对于严重的食物中毒，尤其是重症的胃肠型食物中毒或神经性的食物中毒，有可能留下后遗症。

这些后遗症通常包括急性的肾功能衰竭，主要是由于腹胀、脱水，肾血流量减少而导致。另外，聚集性肺炎，是因为患者长期卧床而导致的急性的血脑循环障碍，也和脱水有关。

另外，还有可能引发缺血性脑卒中、短暂性脑缺血发作，急性心肌梗死是由感染而诱发。另外，严重的食物中毒还有可能导致感染性休克，甚至出现低血容量性休克，这些都属于食物中毒的严重不良后遗症。