小便的时候尿道刺痛是尿道感染引起的，尿道感染的种类较多，最常见的是细菌感染，需要口服头孢类抗生素及氧氟沙星治疗。

淋菌性尿道炎，病原菌为淋病奈瑟双球菌，需要大观霉素注射治疗。其次是非淋菌性尿道炎，主要的病原体以沙眼衣原体和支原体为主，所以治疗上主要针对这两种病原体，给予罗红霉素或者阿奇霉素口服。

其它方面还有寄生虫性尿路感染、滴虫性尿路感染和尿路阿米巴病，首选药物治疗为甲硝唑。肾棘球蚴病首选的抗包虫病药物为阿苯达唑及甲苯达唑。