肛瘘手术也是会有一定风险的，比如出现麻醉的意外或者是手术的过程当中，或者是在手术之后出现出血、感染、复发或者是肛门括约肌过度的损伤，出现肛门失禁等并发症。

任何的手术都有一定的风险性，但是做好术前的评估，总体风险性并不高。肛瘘本身是属于感染化脓性疾病，往往都是由于肛门周围的脓肿发生了溃破，或者是在人为切开排脓以后，所遗留下的管道，并且会在肛门外形成外口。外口会反复地流脓和流水，会严重地影响到患者健康和生活质量。

在诊断明确以后，推荐患者早做手术治疗，单纯的药物治疗效果往往不理想。