甲状腺囊肿大部分为良性病变。与之鉴别的有甲状腺腺瘤，甲状腺癌等。 其中甲状腺癌包括甲状腺乳头状癌、甲状腺髓样癌以及甲状腺滤泡状癌。

甲状腺腺瘤与甲状腺囊肿的质地都是偏软，但是甲状腺腺瘤在超声中的表现一般来说都是外周有环形的丰富血流供应，其密度情况也可以为鉴别诊断提供一定的帮助； 甲状腺癌在超声中的表现通常为形状不规则，边界不清，纵横比大于1等典型征象。这些都为甲状腺囊肿的鉴别诊断提供了有力证据。