脚指甲不平有凹凸首先考虑可能是甲床营养不良造成的。甲床营养不良是一种多因素引起的甲损坏，常累积所有指甲，表现为患者指趾甲变薄、浑浊、变形、易碎、甲表面失去光泽、粗糙、表面呈现凹凸不平、出现条纹等。

可能是缺乏某些微量元素，比如钙、铁元素等，缺乏必要的营养物质尤其是维生素A、E的缺乏。严重消耗性的疾病，如维生素b族的缺乏，严重的肝病、糖尿病等，也可以导致指甲凹凸不平。

另外脚趾的真菌感染，比如足藓，也会造成指甲凹凸不平的情况。