卵巢巧克力囊肿可以做试管婴儿。

巧克力囊肿影响卵巢功能，是引起不孕不育最常见的原因之一，但并不是所有的患者都需要进行试管婴儿才能怀孕。如果囊肿体积较小，没有明显的痛经，月经正常建议直接备孕，备孕期间定期复查。

对于囊肿体积较大，症状较明显的患者，计划怀孕应该先去生殖医学科做全面的评估。如果不孕不育的年限较长、卵巢储备功能已经下降，并且合并输卵管不通可以做试管婴儿。有的女性囊肿体积较大，在试管婴儿之前可以穿刺把囊液抽出然后进行辅助生殖。总之，需要根据每个人不同的情况拟定方案。