肛瘘并不会自愈，肛瘘患者是由于肛门周围皮肤和直肠内发生了异常的通道。

在肛门周围皮肤有肛瘘外口，而直肠内有肛瘘内口，内口和外口之间有肛瘘瘘管相连，由于内口处的肛管压力高于外口，直肠内的粪水以及粘液等等感染物质会持续不断，由压力高的内口进入肛瘘瘘管，而导致瘘管反复出现感染、积脓，再由外口流出，这样肛瘘就会持续的出现流脓以及肿痛，并且无法自愈。

所以肛瘘患者，一旦明确诊断，还是应该及时去医院就诊，进行手术治疗。