肛瘘不会自愈。肛瘘是肛门周围软组织的慢性化脓性疾病，继发于肛门外伤以及肛周脓肿之后，可以引起肛门反复的肿痛、破溃、流液，迁延不愈。

肛瘘是由皮下瘘管、内溃口、外溃口三部分组成，根据外溃口以及皮下瘘管的数量，可以分为单纯性肛瘘和复杂性肛瘘，任何的保留保守治疗均无效，手术是唯一可以根治的治疗措施。

手术时将内口、皮下瘘管以及外溃口完全切除，才能达到根治的目的。如果肛瘘内溃口的位置较高，为了防止术后影响肛门的功能，需要进行挂线治疗。