大拇指根部疼的原因如下：

1.急性损伤。当大拇指部位遭受了急性损伤时，可能会导致关节脱位以及韧带断裂，就会引起大拇指根部出现疼痛、肿胀、活动受限等症状，应当及时就医检查治疗。

2.腱鞘炎。如果大拇指部位长期受凉或者是在急性损伤后恢复不太好，会使大拇指根部出现无菌性的炎症，从而引起腱鞘炎，就会导致大拇指根部疼痛以及功能障碍。

3.关节炎。比如痛风或者是类风湿性的关节炎，会导致大拇指根部出现疼痛的症状，还伴有肿胀、局部皮肤温度增高。