巧克力囊肿鉴别可以通过b超的方式进行检查。在进行b超检查的时候，会提示有卵巢巧克力囊肿双侧多见，并且囊壁较厚且欠清楚，卵巢内部的信号可能会成暗阴影型，周围有低信号。并且囊肿反复出血，囊肿与周围组织形成一个黏连，并且还会有一部分的人会出现有包块的组织。

在进行妇科检查的时候，子宫的直肠窝可触及大小，不动的不规则的结节状突起，触痛是比较明显的。子宫骶韧带增厚、压痛，异位卵巢时常可触及一侧或者两侧盆腔内有固定的囊性包块，伴有或不伴有压痛。阴道或宫颈有病灶时，其粘膜下可看到紫褐色般的结节和小片的出血，子宫多固定于后卫。

巧克力囊肿，还可以通过腹腔镜的探查，在进行探查的时候，会表现为输卵管周围宫底韧带、乙状结肠、盆腔、腹膜表面、子宫、直肠陷凹处可见紫褐色斑点或者小泡，或者有紫蓝色实质的结节或者包包块在进行活检的时候，会提示有巧克力样的囊肿。一般在进行手术的时候会流出有黑褐色的脓液排出，这个时候多为是一个子宫内膜异位症而引起巧克力囊肿。

当出现巧克力囊肿的时候，一定要进行积极的治疗，在术后的时候一定要进行用药物进行预防，以免会引起频繁的复发。