单纯性肛瘘是肛管直肠周围脓肿的后遗症。而肛管直肠周围脓肿大部分是因肛窦感染形成的，肛窦位于肛内，如果不将感染的肛窦完全处理好，则会反复发生肛管直肠周围脓肿及单纯性肛瘘，所以单纯性肛瘘是不能自愈的。

进行各种非手术疗法也只能缓解症状，无法达到治愈的目的，只能进行手术治疗。手术治疗单纯性肛瘘成功的关键点在于将内口准确找到并处理好，同时将瘘管剔除。在清除感染之后，单纯肛瘘才不会复发。

术后还应该注意清淡饮食、多饮水，多吃蔬菜、水果，保持大便通畅。适度地锻炼身体、注意清洁肛门，可以有利于防止肛瘘的复发。