寄生虫性肠炎可依据感染寄生虫的种类不同进行分类。

一般临床上对于寄生虫性肠炎并不再进一步细化，若需探究其分型，多数以感染寄生虫的种类不同进行划分。可分为血吸虫或原虫等。其中原虫性肠炎患者中最常见的即为阿米巴痢疾。虽然患者感染寄生虫的种类存在差异，然而此类患者的临床症状亦存在诸多共性。

多呈现出腹泻、腹痛等典型表现。多在粪便培养上存在差异，治疗方案上亦多是采用补充水分等对症治疗。同时亦需根据培养回报制定相应的抗感染、驱虫处理。