滴虫性龟头炎一般可以使用0.5%的醋酸溶液，0.5%~1%的乳酸溶液以及1:5000的高锰酸钾溶液。对患者的龟头以及包皮内侧进行冲洗，在清洗之后可以在龟头局部涂抹消炎软膏。滴虫性龟头炎除使用清洗液清洗龟头之外，还需要选用甲硝唑类的抗生素抗感染。

由于滴虫性龟头炎是可以通过性交进行传播的，所以当龟头炎发作时，要暂停进行性生活，并且及时使用药物治疗，其配偶也要同时检查，如有感染同时治疗。

由于滴虫性龟头炎可以导致包茎及尿道狭窄等并发症，所以在炎症控制后行包皮环切手术。