滴虫性龟头炎患者会在龟头上出现糜烂面，所以在治疗期间，及时的应用抗生素抗感染治疗，抗生素一般首选甲硝唑。滴虫性龟头炎的患者还可以使用乳酸溶液、醋酸溶液及高锰酸钾溶液等冲洗液，进行清洗龟头和包皮内侧，冲洗完成之后，再局部涂抹消炎的软膏，持续抗炎治疗。

滴虫性龟头炎患者，相对较为容易出现继发性包茎及尿道外口狭窄等并发症，所以应在龟头炎得到控制之后，进行包皮手术治疗。

此外，治疗期间要避免性生活，并且夫妻同时治疗。