先天性肛门闭锁不会影响生殖系统。

因为先天性肛门闭锁只是因为婴儿在发育的过程中，原始肛由于发育异常，未形成肛管，所以直肠不能通过肛门排便。但是这个畸形是不会影响到生殖系统的，对患儿的生殖器官的生长发育都没有明显的影响。

也有部分家长担心患儿手术之后会对生殖系统有影响，也确实有部分患儿手术之后，可能会出现阴道直肠瘘等手术并发症。但是目前先天性肛门闭锁的手术比较成熟，如果在正规的大医院做这种手术，手术之后患儿一般都是可以痊愈的，出现这种并发症的可能性是很小的。