先天性肛门闭锁和肠梗阻之间是因果的关系，先天性肛门闭锁会引起肠梗阻。

肠梗阻，顾名思义就是肠道被堵住了不通畅。先天性肛门闭锁也就是把肠道的出口肛门堵住了，所以肛门无法通气、通便，就会引起肠梗阻的症状。

这里要说明的是，先天性肛门闭锁是一种先天性的婴儿肛门发育异常引起的疾病，而肠梗阻虽然可以称为是一种疾病，但更多的称它是一种临床表现，是一种症状，因为肠梗阻是很多疾病都可以引起的。除了先天性肛门闭锁之外，还包括有嵌顿疝、肠套叠、肠道肿瘤、异物、肠道扭转，此外还有血运性的肠梗阻，还有中毒麻痹性的肠梗阻等等。