滴虫性尿道炎和霉菌性尿道炎在临床上的区别：

第一个，通过实验室检查会发现滴虫性尿道炎，在镜下有大量的阴道毛滴虫存在。而霉菌性尿道炎在镜下会发现有霉菌的菌丝存在，这是第一个区别。

第二个，就是滴虫性尿道炎的情况下，有可能会引起女性阴道出现炎症，而导致阴道分泌物颜色发黄，并且有泡沫一样的分泌物。而霉菌性尿道炎在临床上导致霉菌性阴道炎的情况下，会使阴道出现大量豆腐渣一样的分泌物，这是第二个区别。

并且两者在临床上引起的尿道炎症都会出现尿急、尿频、尿痛，甚至会导致肉眼血尿、排尿困难的可能性。