霉菌性尿道炎和滴虫性尿道炎的区别在于：

首先，这两者的病原体不同，霉菌性尿道炎主要是由于感染了霉菌，而引起的尿道炎症。滴虫性尿道炎主要是感染毛滴虫所引起的尿道炎症。

其次，两者的症状也不同，霉菌性尿道炎排尿有灼烧感、刺痛、分泌物不多。滴虫性尿道炎主要以尿道口瘙痒、尿频、尿急、有大量的粘性分泌物。

治疗方法也不同，霉菌性尿道炎主要用抗真菌的药物治疗，比如两性制霉素B。滴虫性尿道炎用抗菌药、灭滴虫药治疗，比如甲硝唑、滴虫粉、中药苦参汤等。