霉菌性尿道炎和非淋在病因以及治疗方法上有一定的区别。

霉菌性尿道炎通常为霉菌感染所引起，比如白色念珠菌。通常在免疫力过低，或者是长时间使用激素药物时诱发感染，在确诊以后主要是使用抗霉菌的药物进行治疗，比如两性霉素B。非淋菌性尿道炎，主要是由于支原体、衣原体等致病菌感染所引起，大多为不洁性生活或者不注意生理卫生所导致。在确诊后主要是使用头孢菌素类或喹诺酮类的抗生素予以治疗。

无论是霉菌性尿道炎，还是非淋菌性尿道炎，在治疗期间都要禁止性生活，注意生理卫生，清淡饮食。