霉菌性尿道炎和细菌性尿道炎区别在于：

首先，致病菌不同，霉菌性尿道炎是感染了霉菌引起的，属于真菌感染。细菌性尿道炎是感染了细菌所引起的，通常见于大肠杆菌、链球菌、葡萄球菌。

其次，症状表现也不同，霉菌性尿道炎主要表现为尿道刺痒，排尿有烧灼感，少数患者有分泌物但不多。细菌性尿道炎主要会表现为尿道口分泌物增多，并伴有尿频、尿急、排尿疼痛、尿道口红肿。

此外，治疗方法也不同，霉菌性尿道炎主要是用抗真菌的药物治疗。细菌性尿道炎主要用敏感的抗生素来进行治疗。