支原体感染和衣原体感染主要在感染病原微生物情况、临床症状，以及治疗等方面存在区别。在感染病原微生物方面，支原体感染病原微生物为支原体，衣原体感染病原微生物为衣原体。

在临床症状方面，支原体感染可因感染位置不同而表现出咳嗽、咳痰等呼吸道感染症状，以及尿频、尿痛等泌尿道感染症状。其治疗以四环素、喹诺酮类抗生素等药物治疗为主。

衣原体感染可因感染位置不同出现衣原体肺炎、沙眼症状，其治疗以大环内酯类抗生素为首选。