感染衣原体和支原体的区别在于发病的部位。

感染衣原体主要容易造成眼部或者生殖系统出现感染。从而造成眼部的分泌物增加，或者是阴道，或尿道出现稀薄的分泌物。而支原体感染除了会引发泌尿系统以外，还可以造成呼吸道出现感染。从而造成咳嗽、咳痰，或者生殖道部位出现的分泌物。

这两种病原体都是体积相对较小，其中感染的支原体要比衣原体相对小一些。但是，两种病原体一般是协同感染，治疗的方式类似。