支原体感染和衣原体感染区别在以下方面：

第一，两者感染系统有所不同。支原体感染后，患者的泌尿系统容易受到感染，患者经常会引发泌尿生殖系统疾病，比如尿道炎、前列腺炎。而衣原体除了入侵泌尿系统之外，还会对眼部造成一定程度的感染，容易引发沙眼。

第二，两者的检查不同。支原体主要检查生殖支原体以及人型支原体。而衣原体检查的是衣原体抗体。两者在治疗方面使用的药物大致相同，都是以消炎抗菌为主，临床上常用药品为四环素类抗生素和大环内酯类抗生素，比如阿奇霉素、左氧氟沙星。此外，两种疾病具有反复性，治疗时建议夫妻同治。