衣原体可以通过多种途径导致人体发病。首先衣原体可以通过呼吸道飞沫传播，可以导致人体出现急性支气管炎，严重的患者可以导致肺炎。

衣原体可以通过性接触传播，男性患者以尿道炎为主要的表现，女性患者除了导致泌尿性感染之外，还可以出现阴道、宫颈等部位的感染。

衣原体还可以导致患者出现沙眼，主要通过间接接触发生传染，患者可以表现为流泪的症状，同时伴有结膜充血，严重的患者可以导致患者失明。有些新生儿还可以发生产道感染，主要表现为结膜炎。