孕三个月肚子疼可能与以下多种因素有关：

1.可能跟生理性因素有关。由于怀孕期间子宫逐渐增大，可能会对子宫造成刺激导致疼痛症状出现，一般不会对身体有太大影响，适度休息后症状可能会逐渐缓解。

2.考虑跟假性宫缩有关。部分女性在怀孕中期可能会出现短暂性的假性宫缩，同时会伴有疼痛症状。

3.若平时不注意个人卫生，没有合理饮食或经常吃辛辣刺激性的食物，可能会导致急性肠胃炎产生出现肚子疼痛的症状，同时还有可能跟妇科疾病有关。