蹲下起来头疼，可能为以下两方面的原因所引起：

一方面可能为正常的生理现象，因为当人体处于蹲位时，人体较多的血液会向下肢聚集，当突然站起来时，血液来不及快速重新分配，导致回流至心脏的血液减少，致使心脏输出量减少，造成血压暂时性下降。这时脑血管会受到一定程度的牵拉、刺激，就会引起头痛，这种情况属于人体神经反射正常调节。

脑血管疾病，比如脑血管畸形、脑梗死、脑栓塞等，这些疾病患者在由蹲位起身时，会对脑血管产生冲击作用。尤其是本身就已经受损的脑血管，其冲击感更为强烈，也会出现明显的头痛症状。