引起肺栓塞其病因可以分为原发和继发两大类。原发因素主要是指病人体内存在某些凝血机制的障碍，比如抗凝血酶缺乏、纤溶酶原缺乏、血栓调节蛋白缺乏等。临床上更多见于某些继发性的病变，比如创伤或骨折、各种原因导致的长期卧床、吸烟、慢性阻塞性肺疾病患者、服用避孕药、妊娠和产褥期、因整形而植入人工假体、血液黏滞度高、恶性肿瘤肿瘤的静脉内化疗、肥胖、长途静坐旅行等。

另外，随着年龄的增加，患肺栓塞其机率也会增加，而女性20到39岁者，深静脉血栓的发病率较同龄男性高10倍，也就提示女性人群较男性有更高发生肺栓塞的危险。