新月体肾炎的病因多样，可分为原发性肾小球疾病、伴发于感染性疾病以及继发于系统性疾病和药物导致的新月体肾炎。原发性肾小球疾病主要为原发性弥漫性新月体肾小球肾炎，还有继发于其他原发性的肾小球肾炎，主要包括膜增殖性肾小球肾炎、膜性肾小球肾炎伴有附加抗基底膜型肾炎以及少部分IgA肾病。伴发于感染性的疾病主要见于急性链球菌感染后肾小球肾炎，急性或亚急性感染性心内膜炎或者其他的感染包括乙型肝炎病毒、人类免疫缺陷病毒感染。继发于系统性疾病包括系统性红斑狼疮、肺出血-肾炎综合征、过敏性紫癜、过敏性血管炎及其他类型，还有一些混合型冷球蛋白血症等。药物引起的新月体肾炎主要包括青霉胺、别嘌醇及利福平等。