肛瘘的典型症状是肛瘘外口周期性或者持续性排出脓性或者血性分泌物，周而复始，难以治愈。

在急性期外口封闭，瘘管引流不畅可引起局部胀痛，尤其在排便和行动时明显。肛瘘持续性的排出分泌物，可刺激肛周皮肤，引起慢性炎症和肛门湿疹。

引起局部潮湿、黏滑瘙痒、局部皮肤湿疹、色素加深、表皮脱落，甚至出现苔藓样改变和皲裂，也可以引起大便排泄不畅、大便变细、排便困难。病程较长时，可引起患者消瘦、贫血和便秘等。