肛瘘的典型症状是肛门周围的瘘口，持续性或者间歇性排除脓性分泌物或者呈血性黏液。在肛瘘形成的初期，外口排出的脓性液，比较粘稠、色黄味臭。随着病情的进展，分泌物呈稀薄状，时有时无，经久不愈。

在急性炎症期时，可呈现出血性的粘液，同时可伴有肛门疼痛。

因为瘘口长时间排出脓液，刺激肛周皮肤，引起肛周皮肤感染和肛周湿疹，致使肛周瘙痒，同时可以伴随着排便不畅，排便不尽感。有时可伴随着全身症状，比如发热乏力、食欲不振等。